本局因應99年12月25日臺南縣市合併升格為直轄市，成為臺南市政府一級機關。係由原臺南市政府民政處及原臺南縣政府民政處原有人員合併為臺南市政府民政局，下置七科四室。
臺南市政府民政局組織架構圖說明：
局長→副局長→主任秘書→專門委員→秘書 底下設置自治行政科、區里行政科、宗教禮俗科、生命事業科、戶政科、兵役徵集科、兵役後勤科、秘書室、人事室、會計室及政風室。 設置18個戶政事務所及1個殯葬管理所。
