自然人憑證係民眾依據個人需求提出申請不同於國民身分證，屬於非強制性發卡，故內政部自94年起依據行政院指示使用者付費之原則收取IC卡工本費250元（自102年4月1日起）。因自然人憑證具有數位簽驗章及資料加解密兩對金鑰，其功能係為確認網路身分及交易之傳輸安全，自然人憑證係採技術成本及安全等級較高之非對稱演算法，故必須依世界科技進展的安全演算訂定使用期限，以確保民眾在網路應用上獲得更安全的保障，依據現行內政部憑證管理中心憑證實務作業基準規定，目前自然人憑證使用期限為5年可辦理展延3年，目前可使用年限為8年， 8年到期屆滿後，必須更換新的安全演算之自然人憑證。另自然人憑證過期後金鑰已失效，卡片生命週期已結束，新的金鑰對長度及格式皆不同於原來舊卡，基於憑證使用之安全必須換卡並重新註冊以申請新的憑證，因此目前8年到期後憑證將自動失效，如仍有使用憑證之需求，等同新申辦用戶，需請用戶攜帶身分證正本、IC卡工本費新臺幣250元整（自102年4月1日起）及E-MAIL信箱帳號，親臨任一戶政事務所，重新申請自然人憑證，並依行政院指示使用者付費原則，收取IC卡工本費250元。