中央流行疫情指揮中心於7月8日宣布延長全國第三級疫情警戒至7月26日，現階段仍暫停宗教集會活動，宗教場所亦維持暫不開放，惟宗教場所能確實做好防疫措施者，得有條件開放民眾入內參拜或禮拜。本市包含鹽水武廟、善化慶安宮、六甲赤山龍湖巖、六甲媽祖廟、歸仁仁壽宮、財團法人基督教台南聖教會及財團法人台灣基督長老教會台南中會東光教會等皆有意配合「宗教場所防疫管理措施指引」提出宗教場所防疫計畫，以開放民眾入內參香或禮拜、誦經等小型靜態宗教儀式。
另外，北區大觀音亭暨祀典興濟宮、北區鎮轅境、新營太子爺廟、後壁泰安宮、白河財團法人大仙寺、白河財團法人火山碧雲寺、白河崁頂福安宮、東山財團法人崁頭山孚佑宮、東山碧軒寺等則是持續維持第三級警戒狀態，不開放信眾入內參拜。
民政局長姜淋煌表示，防疫計畫應報區公所初審，經公所擬具意見後，再報民政局同意並張貼「宗教場所開放民眾入內公告事項」後才可有條件開放。針對提出防疫計畫之宗教團體，民政局將加快審查流程與行政作業程序。而有條件開放之宗教團體，則務必配合「宗教場所防疫管理措施指引」落實防疫計畫各項防疫措施，以提供民眾安心的參香禮拜環境。
民政局表示，宗教場所若有違反防疫相關規定，依傳染病防治法裁罰。若有違反指引防疫規定者，應即停止開放3日，俟完成改善經主管機關同意後，方能再開放民眾入內，發現違反規定2次者，應即停止對外開放。
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